Die erste Struktur dieses monumentalen Komplexes, des größten der gesamten antiken Stadt Agnone, stammt aus dem Jahr 1343. Das ursprüngliche Franziskanerkloster, Eigentümer von Ländereien und beträchtlichen Einkünften im oberen Molise, war ununterbrochen bis zum Ende des 18. Jahrhunderts im Besitz der Franziskaner-Konventualen. 1807 durch Dekret von Joseph Bonaparte aufgelöst, wurde es 1824 reaktiviert. 1866 wurde das Gebäude endgültig in den Staatsbesitz eingegliedert und dann der Gemeinde übertragen, die es als Sitz des Rathauses, der Königlichen Technischen Schule, der Labanca-Bibliothek (1911) und der staatlichen Mittelschule nutzte. Der Palast, der zwischen Ende der achtziger und der ersten Hälfte der neunziger Jahre restauriert wurde, bewahrt unverändert die ursprüngliche klösterliche Bestimmung. bemerkenswert ist das in Stein gemeißelte Eingangsportal im Rokoko-Stil, das in den Kreuzgang aus dem 14. Jahrhundert führt, der von Malern des 17. Jahrhunderts der neapolitanischen Schule mit Szenen aus dem Leben des heiligen Franziskus bemalt wurde. Von prächtiger Machart aus dem 18. Jahrhundert ist das gesamte Obergeschoss mit dem herrlichen monumentalen Korridor, an dem sich die Eingangstüren zu den Zimmern der Väter öffnen, die von ovalen Fresken mit Heiligenfiguren gekrönt werden. Heute ist der Palazzo San Francesco Repräsentationssitz der Gemeinde, beherbergt im Refektorium aus dem 16. Jahrhundert den Gemeinderatssaal, während das gesamte Obergeschoss Sitz der Vereinten Gemeinde- und B. Labanca-Bibliotheken ist.

Entstanden 1911 durch den Willen von Prof. Baldassarre Labanca (Agnone 1829 – Rom 1913), einem bedeutenden Philosophen, Religionshistoriker und Historiker des Christentums, bewahrt die Bibliothek von Agnone ein Erbe von über 60.000 Bänden. Fast 2.000 stammen vom 16. bis zum 19. Jahrhundert und bilden den antiken Buchbestand, Ergebnis beträchtlicher Spenden von Labanca selbst, von Luigi Gamberale (Agnone 1840 - 1929) und anderen berühmten Intellektuellen aus Agnone. Seit 2004 wurde die "Dauerausstellung des antiken Buches" (79 Bände verteilt in 3 Räumen) eingerichtet, die Werke der Philosophie, klassischen Literatur, Kirchengeschichte, Theologie, Architektur, Medizin und Chirurgie, Naturwissenschaften, Recht und agro-pastoralen Abhandlungen ausstellt. Berühmte Ausgaben aus dem 16. und 17. Jahrhundert (Platon, Aristoteles, Seneca, Ovid, Titus Livius, Tommaso Campanella, die Diodati-Bibel, Geschichte der Inquisition, Kanons und Dekrete des Konzils von Trient, das Römische Martyrologium von Cesare Baronio); wertvolle Aldinen (Tito Vespasiano und Ercole Strozzi, Giovanni Pontano) und andere Ausgaben in reduziertem Format (Pindar, Horaz, Virgil, Terenz, Curtius Rufus, Martial, Petrarca, Tasso); kostbare Ausgaben aus dem 18. Jahrhundert (Voltaire, Rousseau, Buffon, Jean-Louis Petit, Jan Swammerdam, Lorenz Heister, Samuel Pufendorf, Mario Gioffredo, Jacques Cujas); raffinierte Ausgaben aus dem 19. Jahrhundert (Dante, Leopardi, Shakespeare, die hebräische Bibel, der von Gustave Doré illustrierte Don Quijote). Die hölzernen Decken der verschiedenen Ausstellungsräume (2003 restauriert) präsentieren außerdem einen Zyklus von Gemälden mit alchemistischen Themen vom Ende des 18. Jahrhunderts, die vom Franziskanerorden bei neapolitanischen Handwerkern in Auftrag gegeben wurden. Der Zyklus war Gegenstand einer Studie von Prof. Mino Gabriele (Akademiker der Universität Udine) in einem Kapitel seines Essays "Il primo giorno del mondo" (Mailand: Adelphi, 2016) und stellt das einzige bis zu uns gelangte Zeugnis franziskanischer alchemistischer Ikonographie dar.

Im Palazzo San Francesco ist seit 2017 ein Abguss des Originals der Oskischen Tafel ausgestellt, die in London aufbewahrt wird. 1848 vom Bauern Pietro Tisone in der Ortschaft Fonte del Romito (zwischen Agnone und Capracotta, wo ein der Ceres geweihter heiliger Bezirk stand) gefunden, gelangte sie in die Privatsammlung von Alessandro Castellani (1867), der sie 1873 an das British Museum verkaufte. Es handelt sich um eine Bronzeplatte aus dem 3. Jahrhundert v. Chr. in oskischer Sprache, auch bekannt als Tabula Agnonensis, die dem italischen Volk der Samniten gehörte. Theodor Mommsen (1817-1903) war der erste, der das wichtige Fundstück als Zeugnis der samnitischen Sprache und Religiosität studierte. Die Inschrift ist auf beiden Seiten der Tafel (28 x 16,5 cm) eingraviert, die Lesung erfolgt von rechts nach links. Seite A enthält 25 Zeilen und erwähnt die heiligen Zeremonien, die im Laufe des Jahres abgehalten werden sollen, gewidmet der Ceres (Kerres, Hauptgottheit des Heiligtums) und fünfzehn anderen Gottheiten. Es wird außerdem festgestellt, dass alle zwei Jahre eine Zeremonie am Feueraltar abgehalten werden muss und dass jedes Jahr während der Floralia (Fest zu Ehren der Flora, Göttin des Frühlings und der Blumen) vier Gottheiten geopfert werden muss (Ceres, Herkules, Jupiter und Flora). Seite B enthält 23 Zeilen, in denen festgelegt wird, dass der Zugang zum Heiligtum durch die Zahlung des Zehnten geregelt wird, gefolgt von einer Liste dessen, was zum Heiligtum gehört, und einer Erklärung bezüglich derer, die es besuchen und verwalten können.